1.隶属关系不同。

公安院校由公安部或者省级公安厅直属，其中，公安部直属高校5所，省属公安院校30所。（一省一校原则配置，目前我国的34个省级行政区，港澳台及海南省没有，海南省属警校在筹建中）司法警校由司法部或省司法厅直属，其中，司法部直属高校一所：中央司法警官学院；省属司法警校，多为一省一校的配置，但也有部分省份，其司法警校和公安院校合二为一，没有单独的司法警校。

2.学校层次不同。

公安院校中，公安大学为双一流级别高校，另外的警察大学、刑事警察学院、铁道警察学院、南京森林警察学院，也都是本科院校；另外，30所省属公安院校中，有20所是本科高校，10所属于专科层次院校。司法警校中，中央司法警官学院是唯一的本科院校，（二本）省属司法警校，全部是专科层次的高校。