两种医保的性质不同，学校的是大学生医保，供在上学期间使用的，能报销你在校内的医药，家里的合作医疗是在家里看病用的。

但是两种医疗保险如果住院治疗只能报销一份是不可以合报的。因为社会医疗保险只能享受一份是不能重复享受的。农村医保和学校医保区别：

1、购买的途径不一样。农村医保是通过家长给孩子自行购买，学校医保是通过学校集体给学生购买。学校的医保和农村医保的性质是一致的。

2、在报销上，农村医保可以去指定的地点报销，学校医保由学校在一年中同一进行报销。学生医保需要在治愈后填写相关的申请以及提供相应的证明才能进行报销。

3、实体证明上有所不同。农村医保的实体证明有就诊证，在学生医保中只有相关的证明在很多地区并没有实体证件。

为什么学校的医保和家里的医保是不一样的，主要是国家对学生的医疗保险是有补贴的，按地区，按学校的种类，有或多或少的优惠补贴政策，而家里所购买的医疗保险，一般是城市居民医疗保险，或者是商业医疗保险，是个人购买的，所以学校的保险和家里购买的保险是不一样的。