在考研时只考三门的原因主要是因为专业性质的不同。

一些特定的专业，如体育、应用心理学、文物与博物馆、药学、中药学、临床医学、口腔医学、中医、公共卫生、护理等专业，通常只需要考三门课程，这通常是专业学位硕士的特点。