四川科技职业学院的东西区在地理位置、学科设置、历史沿革等方面有不同。具体如下：

地理位置：四川科技职业学院东区位于成都市武侯区，而西区位于四川省都江堰市。

学科设置：东区主要涉及的学科有机电工程技术、电子信息技术、计算机科学与技术、数控技术、自动化技术等，而西区主要有汽车技术、现代农业技术、电子信息技术等。

历史沿革：四川科技职业学院于2006年建立，2017年，经四川省人民政府批准，在原四川科技职工大学基础上建立四川科技职业学院，由四川省教育厅主管，学院本部位于天府新区，占地3000亩，拥有东区和西区两个校区。东区是专科，西区是中职。

以上就是四川科技职业学院东西区的区别，具体哪个校区更好需要依据具体的学科和个人发展方向而定。