南方医科大学是重点学校（招重本和三A），广州医学院是二A的学校在全国的医学院中，南方医科大学排全国13，广州医学院排44因为广州医学院有1个博士后，1个博士点，20个硕士点而南方医科大学有3个博士后，36个博士点，50个硕士点如果你是报专科的话，要考虑一下以后是否想考博硕士我认为南方医科大学要略胜一筹，因为它的前身是第一军医，师资生源方面都有优势，而且又有4间直属医院，不用担心找不到工作

广州医学院， 现名： 广州医科大学。

南方医科大学和广州医科大学， 各有所长， 要看具体专业。综合实力， 是南方医科大学稍强。南方医科大学全国排名比广州医科大学前183位。