计算员工计时时间的方法可以分为以下几种：

1. 手工记录法：让员工手动记录其工作时间，包括上班时间、下班时间、休息时间等，然后将其加总计算出总工作时间。

2. 签到签出法：在公司门口或者工作场所设置打卡机、指纹识别仪等设备，员工到达工作地点后打卡签到，下班时再打卡签出，然后系统自动计算工作时间。

3. 电子记录法：使用计时软件或者考勤管理系统，员工在上班时打开软件，进行计时记录，下班时关闭软件，系统自动记录工作时间，并根据公司制定的考勤规则计算出出勤天数、迟到时间、早退时间等。无论哪种方法，都需要公司制定具体的计时规则和考勤制度，并告知员工如何进行记录，以保证计算的准确性和公正性。