南京大学国家一级学科8个，二级学科13个，国家重点6个。

国家一级重点学科8个：

中国语言文学、数学、物理学、天文学、化学、计算机科学与技术、地质学、生物学

国家二级重点学科13个：

马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子学与固体电子学、材料物理与化学、环境科学、气象学、自然地理学、外科学

国家重点（培育）学科6个：

世界经济、经济法学、中国近现代史、大气物理学与大气环境、水文学及水资源、环境工程理科专业中物理、化学、天文、地球科学、材料、数学、生命科学在全国排名较高，物理堪称亚洲第一，此外电子系声学专业比较独特，其研究院与中科院声学所齐名。文科方面，历史学，哲学比较好，金融系比较热门。