花都区拥有众多高校，以下是一些主要的大学：

广东第二师范学院 （原名广东教育学院）

广东培正学院

华南理工大学广州学院 （原名汽车学院）

广东交通职业技术学院

广州大学市政技术学院

广东行政职业学院

广州民航职业技术学院

广州铁路职业技术学院

广州大学纺织服装学院

广州工商职业技术学院

广东工业大学花都校区

广东理工学院花都校区

广东医科大学花都校区