农产品加计扣除的原因主要有以下几点：

农产品加工的附加值较高。通过对农产品进行深度加工，可以显著提高农产品的附加值，增加农产品的市场竞争力。加计扣除政策鼓励企业增加对农产品的加工投资，提高农产品的技术含量和附加值，进而提升企业的经济效益。

促进农业产业升级。农产品加计扣除政策的实施，有助于引导资本向农业领域流动，推动农业产业升级。通过加大农产品加工力度，可以延长农业产业链，提高农业的综合效益，促进农村经济的发展。同时，这也能够推动农业从传统农业向现代农业、从粗放型农业向集约型农业的转型升级。

提高农民收入和就业水平。农产品加计扣除政策的实施，可以促进农产品加工业的发展，为农民提供更多的就业机会，增加农民的收入来源。同时，随着农产品加工力度的加大，农产品的市场需求也会增加，这将有助于提高农民种植和养殖的积极性，进一步促进农村经济的发展。此外，加计扣除政策还可以鼓励企业采用先进的生产技术和管理模式，提高农产品的生产效率和质量，从而增强农产品的市场竞争力。这不仅有利于企业的可持续发展，也有利于提高农民的收入水平。

总的来说，农产品加计扣除政策是鼓励农业产业升级、提高农产品附加值和市场竞争力、促进农民就业和增收的重要措施。通过实施这一政策，可以有效地推动农业经济的发展，实现农业可持续发展。