开3个点的增值税专用发票时，需要缴纳的税款主要包括增值税和可能的地税附加税费。以下是具体的计算方式：

增值税

税率：3%

计算公式：不含税金额 × 3%

地税附加税费（可能包括）：

城市维护建设税、教育附加、地方教育附加等

合计比例通常为增值税税款的12%

因此，小规模纳税人开具3个点的专用发票时，一共需要缴纳的税款为增值税专票票面不含税金额的3.36%。

例如，如果开票总额为10000元，则增值税为：

10000元 / 1.03 × 3% = 291.26元

加上地税附加税费后，总税额为：

291.26元 + （291.26元 × 12%） = 291.26元 + 34.95元 = 326.21元

请注意，以上计算仅为示例，实际税率和附加税费可能因地区和政策变动而有所不同。您需要根据当地税务机关的规定进行计算。