根据提供的信息，设计费适用的增值税税率为6%。如果设计费总额为40万元，那么增值税的计算如下：

增值税 = 设计费总额 × 增值税税率

增值税 = 400,000元 × 6%

增值税 = 24,000元

此外，根据中国税法，增值税纳税人分为一般纳税人和小规模纳税人。如果设计单位是一般纳税人，那么还可以抵扣进项税；如果是小规模纳税人，则不能抵扣进项税，只能缴纳简易计税的增值税。

请注意，除了增值税之外，还可能涉及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费，但这些税费的具体计算需要根据当地的具体规定和纳税人的身份（一般纳税人或小规模纳税人）来确定。

以上计算仅供参考，实际税务处理可能因地区、具体政策变动等因素而有所不同。建议咨询专业的税务顾问或当地税务机关获取最准确的税务信息