当企业的进项发票不足以抵扣销项税额时，需要缴纳的税款取决于企业的纳税人类型和适用的税率。以下是两种常见情况的概述：

一般纳税人

需要按照适用税率缴纳增值税。例如，如果适用的税率为17%，那么需要根据收入计算出应缴纳的增值税额。

可能还需要缴纳消费税、所得税等其他税费。

小规模纳税人

通常按照3%的固定税率缴纳增值税。

不涉及进项税额的抵扣问题。

请注意，具体的税率和应缴税额需要根据企业的实际业务情况和当地税务部门的规定来确定。