零余额账户是一种特殊的银行账户，主要有以下几个方面的作用：

连接国库单一账户与供应商账户

零余额账户作为国库单一账户与商品或劳务供应商账户之间的桥梁，代理国库单一账户进行支付。

实现预算资金最终付款控制

零余额账户的存在是为了确保预算资金在实际支付时才流出国库单一账户，从而实现对预算资金最终付款的控制。

集中控制预算资金

零余额账户的零余额特性使得所有预算资金得以集中控制在国库单一账户，避免了因分散和重复设置账户而导致的预算资金大量滞留于预算单位及由此引发的一系列弊端。

替代传统账户

实行财政集中支付后，预算单位原有的在商业银行开设的存款账户将被取消，零余额账户可以作为这些传统账户的替代，既兼顾预算单位的传统支付习惯，又满足国库单一账户制度改革的要求。

便于监管和记录

零余额账户便于财政部门对账户进行监管，同时也可以安全地记录付款记录，而不需要担心资金安全。

综上所述，零余额账户在预算资金支付清算、控制和管理等方面发挥着重要作用，有助于提高财政资金的使用效率和安全性。