运输发票不能抵扣的原因主要可以归纳为以下几点：

用于非增值税应税项目 ：如果运输发票是为营业税应税项目（如建筑业、餐饮业等）开具的，则不能抵扣进项税。

用于免税项目：

对于按照国家规定免征增值税的项目（如农业生产者销售的自产农产品等），运输发票也不能抵扣进项税。

用于集体福利或个人消费：

企业或个人用于集体福利或个人消费的支出，其运输发票上的进项税额不得抵扣。

虚开的运输发票：

虚开的运输发票不能用于抵扣进项税。

旅客运输服务的特定限制

仅与单位签订劳动合同的员工或劳务派遣员工发生的国内旅客运输费用才允许抵扣进项税额。

非雇员支付的旅客运输费用不能纳入抵扣范围。

国际及港澳台旅客运输服务不参与抵扣。

发票类型和状态

运输发票必须是税控发票才能抵扣，而某些特定类型的发票（如定额运输发票）不能说明所提供的运输业务与所购进或销售的货物是否相关联，因此不能抵扣。

异常发票（如已作废、已失控、已红冲等）不能进行勾选操作。

通行费发票的特殊规定

ETC和人工通道的通行费发票由于包含政府性基金收入且无法划分，故统一征税，不能抵扣进项税。

综上所述，运输发票能否抵扣需根据具体发票类型、用途及相关税收政策来判断。只有符合增值税抵扣条件的运输发票才能进行进项税额的抵扣。