加工贸易存在多种原因导致需要缴纳税款，主要包括以下几点：

增值税：

加工修理修配被视为使原有商品或货物价值增加，因此需要征收增值税。

进口关税和增值税：

加工贸易进口后复出口的货物，虽然不需要缴纳进口环节税，但需要办理《进料（或者来料）加工贸易手册》，在进口报关时可以暂免进口关税和增值税。然而，在加工后复出口报关时，需要核销《手册》，并完成相关的免税手续。

出口关税：

对于加工贸易项下出口货物，如果是全部使用进口料件加工的产（成）品，则不征收出口关税。但如果是部分使用进口料件加工的产（成）品，则按海关核定的比例征收出口关税。

报关费用：

进出口报关过程中产生的报关费等费用是不可避免的，这些费用是海关和货代办理相关手续所产生的必要费用。

综上所述，加工贸易需要缴纳税款的原因主要涉及增值税、进口关税和增值税的暂免政策以及出口关税的征收。具体的税率和免税额度由海关根据相关法规和政策进行核定。