就业系统不填对毕业证没什么影响；就业协议说白了就是学校为了证明他的就业率而已，没那么多讲究，只要是个注册的有那个代码证的公司就可以了，代码证是类似公司的身份证一样，学校可以查到这个公司的；就业协议只是决定你的档案去向，如果不填，档案就留在学校里，以后工作需要档案要自己去提回来，跟毕业证没关系的。