南京师范大学工商管理系共设有工商管理、人力资源管理和市场营销三个专业，拥有企业管理硕士学位授权点，并承担南京师范大学MBA教育中心的主要课程的教学和学生培养任务。

其中工商管理专业被列为江苏省十二五期间重点建设专业。