东南大学研究生院在四牌楼校区。

四牌楼校区位于六朝古都南京的中心玄武区四牌楼2号，校区东枕钟山,北临玄武湖,松桧荟翠,风景秀丽,占地641亩，已建有各类建筑61.85万平方米。现为研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究基地。