本科学自动化或电气自动化都可以考控制理论与控制工程专业。但这个专业属于控制工程一级学科，而电气专业有电气工程一级学科。它们下属的二级学科是不一样的。控制工程下属二级学科有 控制理论与控制工程、检测技术及自动化装置、模式识别与智能系统等，电气工程下属有电力系统及其自动化，电力电子与电力传动，高电压与绝缘，电机与电气等。你对哪个感兴趣你就考哪个