1、研究方向不同。

中科院研究对象是自然科学，社科院研究对象是哲学社会科学。

2、成立时间不同。中科院成立时间为1949年11月。社科院成立时间为1977年5月7日。

3、组成结构不同。社科院拥有6大学部，近40个研究院所。中科院设有院机关13个，分院12个，研究单位114个。