北京大学元培学院参考的是美国体系部分大学的通识教育，学院一共设有320门本科生素质教育通选课，学生考研根据自身的兴趣选择专业。

北京大学元培学院中比较有名的专业有古生物专业、政经哲专业、计算机专业、公共政治理论、英语等。