深圳清华大学研究院和清华的性质是不同的，深圳清华大学研究院是科研机构，是以企业化方式运作的事业单位；而清华大学深圳国际研究生院士高等院校；两者成立时间不同，深圳清华大学研究院成立于1996年，清华大学深圳国际研究生院成立于2001年。