理论上讲，只要是无毒的，任何能利用纤维素或木质素为碳源的微生物，都可能应用于单细胞蛋白饲料的生产。

现在经选择应用的基本上是好气的或兼性的真菌或细菌，它们生长快，细胞产量高。在选择微生物菌种方面,应注意微生物生长的适应范 围、生长的速率、对培养基的要求简单还是复杂，是否容易持续大量培养， 当然更要注意其蛋白质含量和营养价值。