根据国税发[2005]9号第三条规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法只允许采用一次。因此，该个人取得2020年发放的两次年终奖只能有一次适用全年一次性奖金的计税方法计算缴纳个人所得税。

另外，根据财税[2018]164号第一条相关规定，2019-2021年期间，居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入到当年综合所得缴纳个人所得税。

贵司第一次发放年终奖时是按照全年一次性奖金的计算方法缴纳个人所得税，那么可以选择：

A、第二次发放年终奖时不能再适用全年一次性奖金计税方法，并入到当月的工资薪金当中缴纳个人所得税。此做法，该个人做个税汇算时，对此收入项目类型原则上不需要调整。

B、第二次发放年终奖仍然选择全年一次性奖金计税方法，则该个人在次年3-6月做个税汇算时，需要至少将上述其中一次调整为综合所得，重新汇算个税。即保证全年一次性奖金的个税计算方法一年内只用一次。

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相关规定：

《财政部关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税[2018]164号）

关于全年一次性奖金、中央企业负责人年度绩效薪金延期兑现收入和任期奖励的政策

（一）居民个人取得全年一次性奖金，符合《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定的，在2021年12月31日前，不并入当年综合所得，以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照本通知所附按月换算后的综合所得税率表（

应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数

居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。

自2022年1月1日起，居民个人取得全年一次性奖金，应并入当年综合所得计算缴纳个人所得税。

《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）

在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。