根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告 2019 年第 39 号)规定，纳税人应以注明旅客身份信息的铁路车票、公路、水路等其他客票作为进项税额抵扣依据。

如果丢失了铁路车票，需要从开票方补办票据作为抵扣依据计算抵扣增值税进项税额。而根据中国铁路 12306 的规定，丢失报销凭证不可以补打。所以，员工丢失了铁路车票无法取得补打的铁路车票报销凭证，无法抵扣增值税进项税额。

相关规定：

《财政部 税务总局 海关总署 关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告 2019 年第 39 号)

纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。

(一)纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照

1.取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额;

2.取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：航空旅客运输进项税额=(票价+燃油附加费)÷(1+9%)×9%

3.取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：铁路旅客运输进项税额=票面金额÷(1+9%)×9%

4.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%。