总包代发分包单位农民工工资，应在总包与分包签订代发协议时，明确相关的个税扣缴和申报义务，总包公司根据分包单位按月编制工资支付表，交给总包方代为发放，对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位是分包单位，即，分包单位为个税扣缴义务人。

根据《个人所得税法》的规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。总包方在代发农民工工资过程中，是否属于支付所得的单位

《保障农民工工资支付条例》于 2020 年 5 月 1 日起实施，《条例》中明确施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况负有监督与连带责任，推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。

另，《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》(国税函[1996]602号)第三条规定，扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。