清皇室入住故宫后，延续了明朝制度，于是在1653年，慈宁宫迎来了一位伟大的皇太后孝庄太后。

据史料记载，从这一时期开始直到清统治中期，都是慈宁宫的兴盛时期。慈宁宫也经常为太后举行大型的宫廷仪式。凡遇皇太后圣寿节、上徽号、进册宝和公主下嫁等喜庆活动，都会在这里举行盛大的庆贺仪式。特别是太后寿辰，皇帝会亲自率众行礼，并和近支皇戚一同彩衣起舞，礼节十分隆重。

历史上，清朝的许多皇帝都是出了名的孝顺。孝庄太后患重病久治不愈，让不信神的康熙帝焦急万分，最后他放弃了自己的无神论信仰，在慈宁宫举行了一场类似于诸葛亮“禳星”般的庞大祭祀仪式，祈求上天让自己减寿，以换得祖母康复。