主体验收自评报告监理审核意见的填写应该包括以下内容：

1. 对主体验收自评报告的整体评价：对于自评报告的内容、格式、逻辑清晰度等方面进行评价，以及对报告是否满足验收标准的初步判断。

2. 发现的问题和不足之处：详细列举自评报告中存在的问题或者不足，包括信息不准确、逻辑不清晰、数据不完整等等。确保这些问题具体而明确，方便主体进行改进。

3. 建议和意见：根据自评报告的不足之处，提出改进、完善的建议和意见，以期主体加以改进。

4. 监理的推荐或者决策：对于自评报告进行监理的推荐或者决策，例如是否需要进行补充资料、重新整理报告等。

填写时需要遵循客观、准确、具体、明确的原则，并确保表达清楚并 easy to understand。最终的目标是帮助主体改进自评报告的质量和准确性。