自考档案和专科档案合并的具体步骤如下：

1.首先，将两份档案进行归档整理，分别按照学年、学科、科目、成绩等进行分类存放。

2.确定合并后的档案名称和存放位置，以便于查找和使用。

3.将两份档案的重复部分进行排除，比如同一张成绩单或证书只保留一份。

4.对于不同的成绩单或证书，需要将其进行比对和核实，以确保数据的准确性和完整性。

5.将两份档案进行合并，按照学年、学科、科目、成绩等进行整理，确保档案的条理清晰。

6.最后，将合并后的档案进行整理和装订，标明档案名称、存放位置、有效期等信息，以方便后续使用和管理。

需要注意的是，合并档案时要确保数据的准确性和完整性，以免出现遗漏或错误。同时，也要遵守相关的保密规定，确保档案的安全性和隐私性。