建设单位可以指令施工单位暂停施工，但需要满足一定的条件。根据相关规定，在以下情况下，总监理工程师可以签发工程暂停令：

建设单位要求暂停施工且工程需要暂停施工的。

施工单位未经批准擅自施工或拒绝项目监理机构管理的。

施工单位未按审查通过的工程设计文件施工的。

施工单位未按批准的施工组织设计、（专项）施工方案施工或违反工程建设强制性标准的。

施工存在重大质量、安全事故隐患或发生质量、安全事故的。

需要注意的是，总监理工程师签发工程暂停令，应事先征得建设单位同意。在紧急情况下，未能事先征得建设单位同意的，应在事后及时向建设单位书面报告。施工单位未按要求停工或复工的，项目监理机构应及时报告建设单位。