库存管理系统的现代化程度不同，总店是否能查到入库库存的私自修改，取决于您的库存管理系统的功能。

一般来说，如果您的库存管理系统具备实时更新、权限控制和数据追踪等功能，那么总店就有可能查到库存的私自修改。这是因为当您修改库存时，系统会记录下修改的动作和时间，以及修改前后库存的数量。如果数据异常，系统会发出警报，引起管理人员的注意。

然而，如果您的库存管理系统较为简单，没有上述功能，那么私自修改库存可能就难以被发现。在这种情况下，建议您建立完善的内部审计机制，对库存数据进行定期检查，以确保库存数据的准确性和完整性。

总的来说，无论您的库存管理系统如何，私自修改库存都可能引发一系列问题，包括影响财务报告、误导决策等。因此，诚实守信、合法合规的经营是非常重要的。如果您有任何疑问，建议您咨询专业人士。