总监理工程师的处罚措施可以根据不同情况进行，主要包括以下几种：

警告:

对于违规行为可以给予警告，这是较为轻微的处罚方式。

记过、记大过:

对于较为严重的违规行为，可以给予记过或记大过的处分。

留用察看:

对于严重失职或多次违规的总监理工程师，可以考虑留用察看。

开除:

对于情节特别严重的违规行为，可以予以开除。

罚款:

可以根据违规行为的性质和严重程度，处以一定数额的罚款。

暂停或吊销资格证书:

若因总监理工程师未在岗位上导致事故发生，可以暂停或吊销其与监理工作相关的所有资格证书。

清退出场:

在某些情况下，可以将部分监理人员清退出场。

刑事责任:

如果违规行为构成犯罪，需要按照相关法律法规追究其刑事责任。

停止执业:

依据《建设工程安全生产管理条例》，对于未严格履行监理职责的总监理工程师，可以决定停止其注册监理工程师执业一段时间，如3个月或6个月。

这些处罚措施可以根据具体情况和违规行为的严重程度进行灵活应用，以确保公正和权威地处理总监理工程师的违规行为。